Definir arquivos mínimos para execução

[AndreaSanchezTapia]

Temos o exemplo inteiro da Mata Atlântica aqui e isso faz com que cada rodada de teste seja muito longa e com funções paralelas que talvez sejam repetidas com a base de dados (limpeza, processamento de camadas preditoras).

Proponho:

• tirar os dados de anfíbios e aves. - deixar FLORA_occs_final10Km.csv
• tirar tudo o referente a limpeza taxonômica
• tirar tudo o referente a criação de eigenvariables - mantendo as camadas.
• modificar a resolução das camadas de teste para 10 x 10 km
• tirar os scripts que não estão rodando específicamente a modelagem - deixar apenas script.R

[FelipeSBarros]

Concordo. Sugiro fazer uma limpeza nas funções que estão no arquivo read.eval1.R
Deve ter coisa desnecessária lá. Além de trocar o nome do arquivo para algo como "toolbox. R"

[FelipeSBarros]

O arquivo ARF_sp_DataPreparation também pode ser removido pois foi criado para a análise da Mata Atlantica...

[gmgall]

Pré-requisito da issue #8.

[AndreaSanchezTapia]

podemos manter um subconjunto de dados como data() do pacote, para rodar exemplos (Zygia e mais alguém) e guardar esse toolbox.R como funções do pacote (se vale a pena)

[gmgall]

O Hadley Wickham tem uma abordagem parecida com essa do toolbox.R para criar pacotes. Do capítulo sobre namespaces:

I believe that packages that have a wide audience should strive to do one thing and do it well. All functions in a package should be related to a single problem (or a set of closely related problems). Any functions not related to that purpose should not be exported. For example, most of my packages have a utils.R file that contains many small functions that are useful for me, but aren’t part of the core purpose of those packages. I never export these functions.

No pacote que criei, por exemplo, temos as funções do_algortimo() exportadas e funções utilitárias como cropModel() e createBuffer() não exportadas. Essas funções poderiam estar todas num tools.R ou utils.R.

[diogosbr]

Vou elaborar esse conjunto essa semana OK?
Umas duas ou três espécies tá bom, né?

[AndreaSanchezTapia]

@diogosbr, acho que não precisa ser um conjunto aparte do que já tem na pasta.